Magnetické čerpadlá majú oproti tradičným čerpadlám s mechanickým tesnením nasledujúce výhody:
Žiadny únik: Magnetické čerpadlá sú poháňané magnetickou silou a nevyžadujú mechanické upchávky. Môžu dosiahnuť skutočnú prevádzku bez úniku a zabrániť znečisteniu a poškodeniu životného prostredia a zariadenia spôsobenému únikom kvapaliny.
Žiadne znečistenie: Pretože neexistuje mechanické tesnenie, magnetické čerpadlá nemajú problémy so znečistením spôsobené únikom a sú vhodné na dopravu prchavých, toxických, škodlivých, horľavých a iných špeciálnych médií.
Žiadne trenie: Neexistuje žiadny kontakt medzi obežným kolesom a telesom čerpadla magnetického čerpadla, čo zabraňuje opotrebovaniu a spotrebe energie spôsobenej trením v tradičných mechanických čerpadlách.
Žiadny únik čerpadla: Magnetické čerpadlo používa statické alebo dynamické tesnenia na dosiahnutie prevádzky bez úniku čerpadla, čím sa zabráni plytvaniu a znečisteniu kvapaliny spôsobenému netesnosťou čerpadla v tradičných mechanických čerpadlách.
Nízka hlučnosť: Keďže obežné koleso magnetického čerpadla sa nemusí priamo dotýkať ložiska, hluk je nižší ako u tradičných mechanických čerpadiel.
Magnetické čerpadlá však majú aj niektoré nevýhody:
Vysoké náklady: Magnetické čerpadlá využívajú pokročilú technológiu a materiály a náklady sú relatívne vysoké, takže cena je tiež vyššia ako cena tradičných mechanických čerpadiel.
Nízka účinnosť: Pretože účinnosť premeny magnetickej sily magnetického čerpadla nie je taká vysoká ako účinnosť mechanického prenosu, energetická účinnosť je o niečo nižšia.
Vyžaduje si profesionálnu údržbu: Princíp činnosti magnetického čerpadla je odlišný od princípu tradičného mechanického čerpadla, preto si vyžaduje odbornú údržbu a starostlivosť.