Magnetické čerpadlá sú vhodné najmä na dopravu kvapalných médií, ktoré neobsahujú pevné častice, sú nekorozívne, majú nízke teploty a majú vysoké požiadavky na netesnosť. Magnetické pumpy však nie sú vhodné pre všetky typy médií. Nižšie sú uvedené niektoré médiá, ktoré magnetické pumpy nie sú vhodné na prepravu:
*Kvapaliny obsahujúce veľké množstvo pevných častíc: Prenosová štruktúra magnetickej spojky magnetického čerpadla môže byť opotrebovaná a zablokovaná pevnými časticami, čo ovplyvňuje výkon a životnosť čerpadla.
*Kvapaliny s vysokou teplotou: Prenosový systém magnetickej spojky magnetického čerpadla je citlivý na teplotu. Nadmerná teplota spôsobí, že magnetický materiál zoslabne alebo dokonca stratí svoj magnetizmus, čo ovplyvní normálnu prevádzku čerpadla.
*Horľavé a výbušné kvapaliny: Magnetické čerpadlá môžu počas prevádzky vytvárať určitý stupeň úniku magnetického poľa, ktorý môže spôsobiť požiar alebo výbuch horľavých a výbušných kvapalín.
*Kvapaliny s vysokou viskozitou: Kvapaliny s vysokou viskozitou zvýšia odpor trenia vo vnútri čerpadla, znížia účinnosť a dopravnú výšku čerpadla a môžu spôsobiť, že čerpadlo nebude správne fungovať.
*Kvapaliny citlivé na magnetické polia: Kvapaliny citlivé na magnetické polia môžu byť pri preprave magnetickými čerpadlami ovplyvnené magnetickým poľom, čo môže spôsobiť zmeny vlastností kvapaliny.
*Vysoko korozívne kvapaliny: Hoci magnetické čerpadlá sú vhodné na dopravu určitých korozívnych kvapalín, pre vysoko korozívne kvapaliny, ako sú kyseliny a zásady s vysokou koncentráciou, je potrebné zvoliť magnetické čerpadlá vyrobené zo špeciálnych materiálov, inak môže materiál čerpadla silne skorodovať .
Pri použití magnetického čerpadla na dopravu média je potrebné zvoliť vhodný model magnetického čerpadla a materiál podľa vlastností konkrétneho média, aby bola zaistená bezpečná a spoľahlivá prevádzka čerpadla.